日喀则地区藏医院的前身系日喀则地区人民医院藏医科，1981年国家投资46万元，开始进行藏医院的基本建设并于1982年4月12日，正式成立了日喀则地区藏医院。改革开放以来，该院的各项事业有了突飞猛进的发展。2003年国家投资1370余万元对医院进行改扩建，加强和改善医院的基础设施条件；建立健全组织管理体系，健全和巩固藏医药服务体系，科室设置日趋完善，医疗技术更加精湛，拥有固定资产2245万元，已发展成为日喀则地区规模最大的集医疗、科研、预防、保健、教学、制剂炮制为一体的综合性二级甲等藏医院，承担全地区18个县（市）67万人口的藏医医疗保健任务。